Los días de exceso (1990-1995)
En 1990, Charly tenía muchas ideas, pero la banda no. Otro miembro importante de la banda, Fabián Zorrito Von Quintiero, se había ido a unirse a otra banda, Los Ratones Paranoicos. Hilda Lizarazu (ex vocalista de Suéter que había ingresado a la banda para la gira internacional en 1989/1990) y Carlos García López comenzaron un grupo llamado Man Ray. Charly ahora estaba solo. Para su nuevo disco, Filosofía barata y zapatos de goma, llamó a muchos de sus viejos amigos, quienes ayudaron a grabar la mayoría de las canciones. Ayudaron, entre otros, Andrés Calamaro, Rinaldo Rafanelli, Fabiana Cantilo, Nito Mestre, Pedro Aznar, Fabián von Quintiero e incluso Hilda Lizarazu. Para poder lanzar el disco, García debió enfrentar un juicio por «ofensa a los símbolos patrios» ya que ese LP incluía una versión del Himno nacional argentino, que terminó siendo autorizada por los tribunales. A mucha gente le gustó, viéndola como una versión fresca, sincera, respetuosa y fuerte de la vieja canción. Hoy nadie discute que es una hermosa versión de la canción patria.
En 1991 lanzó Radio Pinti, un disco compuesto por Charly García y Pedro Aznar junto a Enrique Pinti, quien se encargó de los raps y la locución. Contó con la participación de los Illya Kuryaki and the Valderramas.
La idea era grabar un álbum con Gustavo Cerati (de la banda Soda Stereo), que se llamaría Tango 3. El puntapié inicial fue «No te mueras en mi casa» (incluido en Filosofía barata y zapatos de goma) y continuó con «Vampiro» (de Tango 4). Sin embargo, por causas que se desconocen, el proyecto quedó en la nada.
En 1993 Charly García fue contratado para componer la banda de sonido de la película Funes, un gran amor. En este álbum se encuentran canciones como «Fifteen forever» y el tango «Naranjo en flor» (cantado por Jairo).
En julio de 1994 se lanza su muy publicitada ópera-rock La hija de la lágrima. Como tal, este trabajo incluye muchos pasajes instrumentales y de virtuosismo. «La sal no sala» (junto a Juanse) y «Fax U» son los éxitos que sobresalen. Ese mismo año, Kurt Cobain, líder de Nirvana, trágicamente acabó con su propia vida. Siendo un fan de él, García se tiñó el pelo de rubio.
También durante 1994, la Copa Mundial de Fútbol se jugaba en los Estados Unidos. El legendario jugador de fútbol Diego Armando Maradona estuvo involucrado en una disputa con la FIFA con respecto a una prueba de drogas para la efedrina dopaje, que fracasó, que le impide jugar. Después de que Diego fue enviado a casa, Argentina perdió dos partidos importantes y fue eliminado de la Copa del Mundo. Cuando el último partido estaba a punto de terminar, Charly llamo a Diego por su teléfono celular y le cantó en vivo el «Maradona blues», una canción que compuso para él. Diego lloró cuando escuchó. En septiembre, García presentó el álbum en diez funciones colmadas del Gran Rex. En noviembre del mismo año, Charly fue internado por la fuerza en una clínica psiquiátrica. Estaba muy alterado, pero su estado de ánimo no varió al abandonar el establecimiento. Cuando fue dado de alta estuvo una semana en Buenos Aires y después partió de vacaciones a Río de Janeiro. La consigna era mejorarse. Quedó encantado con un paseo en ala delta, con el que sobrevoló los morros.
La era Say no More (1996-1999)
En 1996 editó Say no More, álbum que reúne temas del autor con obras instrumentales que habían sido escritas para la película Geisha, pero no fueron incluidas en la banda sonora por diferencias con el director. Este trabajo marcó un concepto nuevo para García, con el que atraería a un nuevo tipo de público pero terminaría de alejar a varios de sus seguidores más veteranos. Con los años se volvió un disco de culto, e incluso García lo considera su álbum preferido de los que ha grabado.
En 1997 graba junto a Mercedes Sosa un disco de canciones propias interpretadas por la Negra, titulado Alta fidelidad. Ambos se conocían desde su infancia, por lo que decidieron publicar un trabajo colaborativo en el que Mercedes iba a cantar sus canciones favoritas de García.
En 1998 presentó el disco El aguante en Buenos Aires. El álbum cuenta con «Kill my mother», canción dedicada a la madre de Charly, Carmen Moreno. Esta producción contó con muchas versiones traducidas al español por García, como «Tin soldier» (de Small Faces), o «Roll Over Beethoven» (de Chuck Berry). Una canción significativa que no se incluyó fue «A whiter shade of pale», originalmente publicada por Procol Harum, banda que Charly siempre había admirado.
Reunión de Sui Géneris y la Maravillización (2000-2003)
En 2000, Charly y Nito Mestre deciden reunir Sui Géneris. Para esta ocasión especial, ambos componen nuevas canciones para un nuevo disco, Sinfonías para adolescentes. Por supuesto, las cosas eran muy diferentes a los 25 años, pero los aficionados jóvenes y mayores estaban entusiasmados con la idea del retorno de Sui Géneris. Esta nueva etapa estará marcada por el nuevo «concepto de sonido» de Maravillización o «hacer algo maravilloso» de García, reemplazando al viejo y oscuro estilo «Say no More». Pese a esto, el concepto «Say no More» y su logo seguirían presentes en la música de Charly hasta Kill Gil, de 2010.
Después de esta interrupción en su carrera como solista, en el 2002, Charly sacó a la venta Influencia, primer trabajo de Charly como artista del sello EMI y el último en que Charly puso su nombre, ya que después se identificaría con el logo de «Say no More». El mismo cuenta con 13 canciones, la mayor parte del propio García, contando dos versiones y una instrumental. Además toca casi todo los instrumentos, salvo colaboraciones de algunos de los integrantes de su banda y dos participaciones estelares, entre ellos el guitarrista Tony Sheridan. Este disco contiene canciones interesantes que tuvieron un impacto en el rock latinoamericano, tales como «Tu vicio», «Influencia» (de Todd Rundgren) y «I'm not in love» (con Tony Sheridan). A pesar de que incluía canciones viejas como «Happy & Real» (de Tango 4) o «One to one» (de El aguante), fue muy bien recibido por la crítica. No obstante, para este disco se notaba un leve deterioro en la voz de Charly, definiendo un sonido nuevo que se acentuaría con los años en los siguientes discos.
En el año 2003 presenta Rock and Roll YO. El principal corte de difusión es «Asesíname», acompañado por la actriz Celeste Cid en el video. El álbum fue dedicado a su exguitarrista y amiga, María Gabriela Epumer, quien había fallecido en junio de ese mismo año, producto de un paro cardiorrespiratorio. Las canciones no eran tan buenas como las de Influencia, la voz suena a menudo fuera de tono (como en «Dileando con un alma») y, una vez más, el álbum contiene también muchas versiones como «Linda bailarina» («Pretty ballerina», de Michael Brown) o «Wonder (Love’s in need of love)» (de Stevie Wonder). Esta vez, sus espectáculos no eran tan convincentes, y la ausencia de Epumer podía ser sentida por los fanes.
Hiato y Kill Gil (2003-2014)
A partir de Rock and Roll YO Charly García no publicaría nueva música en seis años, aunque seguiría muy activo realizando conciertos en Argentina y sus países vecinos.
El 14 de junio de 2008, Charly García fue trasladado a un hospital en la ciudad de Mendoza, debido a un episodio violento que se realizó en un hotel de dicha ciudad (los empleados del hotel llamaron a la policía para que controlara a un García fuera de sí, debieron subirlo por la fuerza a una camilla, en la que lo llevaron amarrado a la guardia del hospital Central) Fuentes periodísticas relacionan el incidente con una sobredosis de drogas y alcohol.
Después de la larga recuperación, un recuperado Charly volvió en agosto de 2009 con una nueva canción llamada «Debería saber por qué». La canción se convirtió en un éxito y pronto Charly se embarcó en una gira por Chile y Perú para promover su retorno.
A fines del 2006 comenzó a circular por Internet el demo del disco que Charly estaba grabando, Kill Gil. EMI se negó a publicar oficialmente el material al afirmar que «ya fue descargado por todo el mundo». El propio García denunció que fue traicionado e incluso sugiere que se trató de una «maldad» de su propio hijo, Migue García. Finalmente, tras cuatro años de «sobreproducción», en diciembre de 2010 anunciaron la edición de Kill Gil con 11 temas y un DVD con animaciones de las pinturas hechas a mano por Charly durante el proceso del álbum. Tras los puntos altos de Influencia y Rock and Roll YO, Kill Gil es considerado uno de los peores discos de Charly, debido a la escasa cantidad de canciones originales que incluye y a la falta de temas memorables, destacándose No importa y Corazón de hormigón (a dúo con Palito Ortega) sobre el resto.
El 30 de marzo de 2009 dio un recital sorpresa en la Plaza Belgrano, frente a la Basílica de Luján. Las vallas de contención cedieron ante la euforia de la gente. Tocó 7 temas en 35 minutos y después se retiró en una camioneta, rumbo a la quinta de Palito Ortega. Para el retorno de García, durante 2009, el músico había aumentado 20 kilos, obteniendo un peso acorde a su altura: mide 1,94 m. y pesa 85 kilos.
En 2010, volvió a Uruguay para dirimir la causa abierta tras la agresión denunciada contra un paparazzi. Fue absuelto y en ese mismo enero un «muy recuperado» García brindó ―tras siete años― un recital en el país, en el estacionamiento del hotel Conrad de Punta del Este. En mayo, se presentó en un anfiteatro romano en Israel y tocó el Muro de las Lamentaciones.
El 23 de octubre de 2012, tras ser declarado en junio ciudadano ilustre de Córdoba, Charly García festejó sus 61 años entre amigos, sushi, canilla libre y discos. El festejo duró hasta las 3 AM. Fiel a su estilo, el ícono del rock nacional celebró tocando con amigos de toda la vida. La celebración fue en el restaurante El Muelle de la Costanera norte. A Charly se lo vio contento y descansado. Llegó acompañado de su novia Mecha Iñigo. Compartió la velada con amigos de toda la vida como León Gieco, Fito Páez, Palito Ortega, Hilda Lizarazu, David Lebón, El Zorrito von Quintiero, Juanse y El Negro García López. También hubo invitados del mundo del cine y la televisión, como Gonzalo Valenzuela, Graciela Borges, Gastón Recondo, Mariana Badía y Beto Casella.
En el año 2013, luego de editar el año anterior su álbum en vivo 60x60, García presentó su libro Líneas paralelas: artificio imposible. Editado por la editorial Planeta, se trata de una explicación detallada sobre el método de planificar sus presentaciones con dibujos y textos.
"Lleno la cama de dibujos, de apuntes que resumen parte de mi cerebro y de mi alma. Querían una biografía, pero me parece que estoy muy joven todavía, son solo cuarenta años de trayectoria. Hay una parte científica por el espacio y la distancia, a tal punto que yo veo que las líneas paralelas se tocan. Todos sabemos que eso no pasa, pero en mi obra sí pasa. Las paralelas tienen ganas de tocarse, pero se consuelan sabiendo que van a estar toda la vida juntas. [...] Muchas de las cosas escritas a puño ni yo las entiendo, el cerebro va más rápido. Es como si estuviera haciendo una canción, uno escribe así lo que le viene. Es una historia de amor, es una historia de no asfixia del espacio, de mi visión de lo que se llama arte que todavía no la comprendo como no comprendo el infinito, pero sí comprendo que sin aire no hay música. [...] Es como una parte de mi cerebro, porque siempre que estoy en los recitales o por grabar un disco dibujo, escribo, y no pensaba sacar un libro pero me lo pidieron, primero era una biografía y a mí me parece que todavía estoy muy joven para eso".
Charly García explica sobre su libro en El Ateneo Grand Splendid, 30 de septiembre de 2013
Random (2015-actualidad)
Recién en 2015, a cinco años de Kill Gil, Charly García empezó a trabajar en su disco número 17,19 aparte de jugar con la idea de una película sobre su vida para 2016 o 2017.
Tras los tres discos publicados por EMI entre 2002 y 2010, el 24 de febrero de 2017 se publicó bajo el sello Sony Music el disco Random, conformado de diez canciones. El primer sencillo de Random, lanzado el 5 de febrero, fue La máquina de ser feliz, canción que Charly había estado interpretando en vivo desde 2015.
Con el paso del tiempo, el disco consiguió Disco de Oro en Argentina por diez mil copias vendidas. En abril se lanzó un nuevo sencillo, Lluvia, aunque de momento sin ningún videoclip, al igual que La máquina de ser feliz. En junio, el sello Sony subió a YouTube tres videos en los que aparece Charly en medio de una sesión de fotos, tarareando las nuevas canciones Ella es tan Kubrick, Primavera y Otro. Estos videos antecedieron el primer videoclip oficial de Charly desde Deberías saber por qué, de 2009: Lluvia.